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本局預算含單位預算及附屬單位預算(醫療藥品基金)法定業務職掌包括預算、會計、統計等事項：
　 
　　 預算　　　
　　 一、年度預(概)算之籌編。
　　 二、歲入、歲出預算分配作業。
　　 三、預算支用最後簽證。
　　 四、經費流用、申請修正分配預算、動支預備金及追加減預算等事項。
　　 五、預算執行狀況分析事項。
　　 六、經費申請保留彙編事項。
　
　　 會計　　
　　 一、審核各項原始憑證。
　　 二、記帳憑證編製事項。
　　 三、會計帳項處理。
　　 四、會計報告之編製。
　　 五、憑證送審事項。
　　 六、決算之編報事項。
　　 七、內部審核處理事項。
　　 八、其他會計事項。

　　 統計
　　 各種統計報表之彙編、報表格式修正等事項，並提供統計分析資料 ,
　 　作為擬訂施政計畫參考。